Bom Jesus, primeiramente denominado Chapecózinho, era habitado pelos índios Guarani e Kaingang, sendo que a área onde se localiza hoje a sede do município era utilizada como cemitério indígena. Estas mesmas terras também serviram de palco para um dos maiores acontecimentos históricos de Santa Catarina, que foi a guerra do Contestado, pois servindo de pouso e passagem dos seguidores do Monge São João Maria.
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