Bom Jesus, primeiramente denominado Chapecózinho, era habitado pelos índios Guarani e Kaingang, sendo que a área onde se localiza hoje a sede do município era utilizada como cemitério indígena.
Estas mesmas terras também serviram de palco para um dos maiores acontecimentos históricos de Santa Catarina, que foi a guerra do Contestado, pois servindo de pouso e passagem dos seguidores do Monge São João Maria.
Na década de 40, foi construída a primeira balsa sobre o Rio Chapecózinho, de propriedade do Sr. Raimundo Narciso, que posteriormente por direito sucessório ficou para o Sr. Pedro Florentino Narciso. Anteriormente à balsa, a passagem era feita através do despraiado, a pé ou a cavalo.
Por volta de 1954 foi feita a primeira ponte de madeira. Logo após, em 1959, foi feita a primeira barragem com uma pequena usina, mais tarde a usina foi ampliada chegando a gerar energia elétrica para o município de Xanxerê. Alguns anos depois a ponte de madeira foi substituída por uma de concreto.
Segundo depoimentos, as primeiras famílias aqui chegadas, vieram como aventureiros, como é o caso do Sr. Cristiano Feliciano dos Santos, que chegou como tropeiro e fixou-se às margens do rio, constituindo família e tornando-se o primeiro comerciante de Bom Jesus. Vieram ainda Elias Carneiro, Agnelo Narciso, Pedro e Manoel Florentino Narciso e João Rosa.
O primeiro comerciante a se instalar, onde hoje é a sede do município, foi o Sr. Pedro Olinkiewiski, em 1950.
Em 1957 foi então que Chapecózinho começou sua história político-administrativa, com o nome de Bom Jesus, tornando-se o primeiro distrito de Xanxerê.
Bom Jesus passou a ser município a partir de 19 de julho de 1995. Hoje é composto por 9 comunidades, incluindo a sede. A sua economia baseia-se fundamentalmente na agropecuária.